شهید مصطفی خمینی در ۲۱ آذر ۱۳۰۹ در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجارهای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدریاش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. مصطفی در دامن مادری با تقوا و پدری دانشمند و در محیطی آکنده از معنویت و عرفان رشد کرد. گرچه در بسیاری از رفتارهای فردی و اجتماعی مانند سایر کودکان بود، ولی گهگاه با رفتار و کردارش که از نبوغ و استعدادی سرشار حکایت میکرد، دیگران را به شگفتی وا میداشت.
وی کودکی لاغر اندام ولی شجاع و جسور بود. پس از طی دوران کودکی راهی دبستان شد. تا پنجم ابتدایی در دبستان «باقریه» و «سنایی» قم به تحصیل پرداخت. در چهارده سالگی به تحصیل مقدمات علوم و معارف دینی پرداخت. او دارای نبوغ و هوش سرشاری بود و بدین جهت به سرعت از همردیفان خود پیشی گرفت. در هفده سالگی، پس از پایان دوره مقدمات حوزه، معمم شد.